Bifidobacterium, ortak bozulmayı ve düşük - sıcaklık bakterilerini etkili bir şekilde inhibe edebilir. Antibakteriyel etkisi esas olarak beslenme ve yapışma bölgelerinin rekabeti, antibakteriyel maddelerin üretimi ve vücudun bağışıklığının güçlendirilmesidir. Bağırsak patojenik bakterilerin yapışması ve üremesi üzerinde bir etkisi vardır. Antagonizme ve hastalığın patogenezini engellemek. Bifidobakteriler tarafından üretilen antibakteriyel maddeler esas olarak organik asitler, bakteriyosinler, bakteriyosinler ve diğer antibakteriyel maddelerdir.
Bifidobakterilerin metabolitleri olan laktik asit ve asetik asit gibi uçucu kısa - zincir yağ asitleri, patojenik bakterilerin hücrelerindeki hidrojen iyonlarının konsantrasyonundan daha yüksek olan çevredeki hidrojen iyonlarının konsantrasyonunu arttırır. Hidrojen iyonları, sitoplazmanın asitleşmesini sağlamak için patojenik bakterilerin hücrelerine nüfuz eder ve hatta antibakteriyel etkiler elde etmek için patojenik bakterileri inaktive eder.
Çalışmalar, bifidobakteri fermantasyon suyunun in vitro olarak belirgin antibakteriyel etkiye sahip olduğunu ve düşük pH'ın antibakteriyel etkisi için önemli bir durum olduğunu göstermiştir. Ek olarak, bazı bifidobakteriler, diğer patojenik bakterilerin büyümesini inhibe edebilen bakteriyel toksinler adı verilen antibakteriyel etkileri olan ribozomlar tarafından sentezlenen bir protein üretmek için metabolize edebilir.